水功能区达标率是最严格水资源管理的核心内容，列入各级政府的考核指标。据最新水文监测数据，2016年我市重点水功能区水质达标率77.1%，较2015年提高30%，超额完成省政府年初下达的目标任务。

按照江苏省水利厅、江苏省环保厅编制的《江苏省地表水（环境）功能区划》，我市共有省级考核水功能区49个，2016年组织实施监测的省级考核水功能区为48个。近年来，通过面源污染减量，企业及生活污水接管，污水处理厂提标改造，科学调水换水等强有力的措施，全市河流健康状况持续好转，重点水功能区水质达标率实现连年提升。